Program Malaysia Prihatin akan dilaksanakan dengan kerjasama sepenuhnya dari 7 buah kementerian yang terlibat dan disokong oleh syarikat-syarikat GLC dan syarikat-syarikat korporat. Program ini akan menggunakan peruntukan kewangan sedia ada di bawah kementerian-kementerian terlibat ataupun jika perlu, pihak kementerian akan memohon bajet tambahan daripada Kabinet. Selain daripada itu, Program ini akan memohon bantuan kewangan dari syarikat-syarikat GLC dan syarikat-syarikat korporat utama yang melaksanakan projek-projek mega kerajaan. Dari aspek operasi, beberapa kaedah pelaksanaan telah dikenal pasti untuk menjayakan matlamat dan objektif Program Malaysia Prihatin, iaitu:

1. Penubuhan sebuah sekretariat yang dikenali sebagai Sekretariat Malaysia Prihatin (SMP) untuk mengurus tadbir Program Malaysia Prihatin. Sekretariat ini akan ditubuhkan sebagai sebuah Syarikat Berhad Dengan Jaminan (Company Limited by Guarantee).
2. Pelaksanaan program mesra rakyat atau turun padang di mana kesemua rangkuman pelan tindakan kepada 5 sektor utama iaitu kebajikan, kesihatan, pendidikan, ekonomi dan alam sekitar, yang akan digarap melalui gabung jalin usaha kementerian, jabatan-jabatan dan agensi-agensi kerajaan serta kumpulan sukarelawan dan NGO. Program ini juga akan dikembangkan ke sektor pembangunan belia dan teknologi maklumat (ICT).
3. Perlantikan seorang pegawai kanan dari 7 buah kementerian yang terlibat sebagai contact point atau focal point di antara pihak kementerian dan Sekretariat Malaysia Prihatin bagi tujuan penyelarasan aktiviti.
4. Kajian dan bancian dengan menggunakan tenaga sukarelawan mahasiswa/i institusi pengajian tinggi dan kolej-kolej komuniti untuk mendapatkan maklumat dari akar umbi supaya profil golongan sasar yang layak dapat dikenal pasti.
5. Mengemukakan profil golongan sasar yang layak untuk mendapatkan insentif kerajaan kepada kementerian, jabatan dan agensi berkenaan.
6. Memastikan program yang telah dijadualkan berjalan secara berkala akan dilaksanakan sepenuhnya.
7. Memantau pelaksanaan program secara keseluruhan termasuk golongan sasar yang telah terpilih untuk menerima insentif daripada pihak kerajaan sama ada dalam bentuk latihan, kewangan dan insentif teknologi.